Plusieurs années se sont écoulées depuis la dernière bataille. La terre ne ressemble plus à l'endroit où les humains vivaient autrefois. Les Aragamis, des bêtes terrifiantes, continuent à faire rage à travers le monde et sèment misère et destruction. Pour sauver le monde et rétablir l'équilibre, de nouveaux héros ont émergé : les God Eaters. Ce sont des hommes qui ont été bénis ou maudits, équipés de la nouvelle version des armes God Arc (des implants spéciaux alimentés par des cellules Aragamis).

Faites équipe avec les autres God Eaters pour vaincre les monstrueux nouveaux Aragamis qui détruisent le monde. Mais ce ne sera pas votre seule mission. Quelque chose arrive aux God Eaters et la frontière entre l'ombre et la lumière n'a jamais été aussi mince... Il est temps de se libérer de la malédiction qui lie les âmes des God Eaters car la bataille va être plus féroce que jamais...

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